个人垫付单位应承担的社保费用及滞纳金，可以分别以不同案由起诉，但需结合具体情形和诉讼策略综合判断。以下分情况说明：

1. 社保费用与滞纳金的法律性质不同，可拆分案由
   根据《社会保险法》及《劳动争议调解仲裁法》，社保费用属于用人单位与劳动者之间的劳动争议范畴（案由：社会保险纠纷），而滞纳金是因用人单位未依法缴纳社保导致的行政处罚或债务追偿问题（案由：追偿权纠纷或不当得利纠纷）。若垫付人（如劳动者或第三方）主张单位返还垫付款，可分别以“社会保险纠纷”起诉社保费用部分，以“追偿权纠纷”或“不当得利纠纷”起诉滞纳金部分，二者法律关系独立，法院通常允许分案处理。

2. 实务中需注意诉讼策略的合理性

   • 合并起诉的便利性：若垫付人希望一次性解决纠纷，可在同一案件中以“社会保险纠纷”为案由，将社保费用及滞纳金一并主张，但需证明滞纳金系因单位未缴纳社保直接导致，且垫付人已实际承担该费用。此时法院可能合并审理，但需符合《民事诉讼法》关于“共同诉讼”的条件（如标的同种类、权利义务关联性等）。
     
   • 分案起诉的必要性：若滞纳金金额较大或法律关系复杂（如涉及行政处罚程序），或社保费用与滞纳金的垫付主体不同（如劳动者垫付社保费用，第三方垫付滞纳金），分案起诉可能更有利于查清事实、明确责任。此时需分别准备证据链（如社保缴费凭证、滞纳金缴纳通知、垫付协议等）。

3. 风险提示与建议

   • 证据充分性：无论分案或合并起诉，均需证明垫付行为的合法性（如单位书面委托、劳动者代缴协议）及费用实际发生（如银行转账记录、社保部门出具的缴费证明）。
     
   • 诉讼时效：社保费用争议适用《劳动争议调解仲裁法》的1年仲裁时效（自知道或应当知道权利被侵害之日起计算），滞纳金追偿可能适用《民法典》的3年诉讼时效（自垫付之日起计算），需注意时效起算点差异。
     
   • 执行风险：若单位已无财产可供执行，分案起诉可能导致执行程序重复，增加成本，建议提前申请财产保全。

总结：从法律性质和程序规则看，社保费用与滞纳金可分别以不同案由起诉，但需结合证据充分性、诉讼效率及执行效果综合决策。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性方案。