在农民工因工资发生的争议中，举证责任主要由用人单位承担。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条，发生劳动争议时，当事人对自己提出的主张有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
   • 《保障农民工工资支付条例》第五十条明确规定，农民工与用人单位就拖欠工资存在争议时，用人单位应当提供依法由其保存的劳动合同、职工名册、工资支付台账和清单等材料；不提供的，依法承担不利后果。

2. 举证责任分配的原因：

   • 农民工在收集劳动合同、职工名册、工资支付台账和清单等证据材料方面往往处于弱势地位。
   • 为保障农民工的工资支付权益，法律特别规定了用人单位的举证责任。

3. 用人单位的举证义务：

   • 用人单位应当按照工资支付周期编制书面工资支付台账，并至少保存3年。
   • 台账应包含用人单位名称、支付周期、支付日期、支付对象姓名、身份证号码、联系方式、工作时间、应发工资项目及数额、代扣代缴扣除项目和数额、实发工资数额、银行代发工资凭证或农民工签字等内容。

4. 法律后果：

   • 如果用人单位未编制工资支付台账并依法保存，或者未向农民工提供工资清单，将面临人力资源社会保障行政部门的行政处罚。
   • 用人单位不提供依法由其保存的劳动合同、职工名册、工资支付台账和清单等证据的，将承担不利后果，即可能败诉。

综上所述，在农民工因工资发生的争议中，用人单位负有举证责任。如果农民工与用人单位就工资支付存在争议，用人单位应当提供相关证据材料以证明其已依法支付工资；否则，将承担不利后果。