毕业证扣押是不合法的。

法律依据与分析：

根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。这里的“其他证件”明确包含了毕业证等能够证明个人学历的重要证件。因此，任何单位或个人，包括学校或用人单位，扣押毕业证的行为都是违反法律规定的。

毕业证是个人重要的学历证明，对于求职、晋升等具有至关重要的作用。任何单位或个人都无权非法扣押这些证件，否则将侵犯个人的合法权益。

可能的法律后果与维权途径：

如果遇到了毕业证被扣押的情况，你首先应与扣押方进行友好沟通，要求其返还证件。如果沟通无果，可以向当地的劳动行政部门或教育部门进行投诉举报。依据《劳动合同法》第八十四条的规定，劳动行政部门会责令扣押方限期退还你的证件，并可能对扣押方处以罚款。

若该行为给你造成了损害，扣押方还应当承担赔偿责任。在此过程中，你可以直接向我咨询具体的法律途径和维权方法，我会为你提供专业的法律支持。

总结与建议：

保护自己的合法权益是每位劳动者的基本权利。如果你遇到了毕业证被扣押的问题，一定要及时采取措施维护自己的权益。首先尝试与扣押方沟通协商，若无法解决，则应及时向相关部门投诉举报，并寻求法律帮助以确保自己的权益得到妥善保障。