针对您提出的问题，我们首先明确核心要点：肇事方与4S店签署了协议，约定车辆修好后款项归4S店所有，但现在受害方对车辆进行了保全。接下来，我将从法律角度为您详细分析并给出建议。

1. 协议效力分析：

   • 肇事方与4S店之间签署的协议，在双方之间具有法律约束力。若协议内容合法、双方意思表示真实，且不存在违反法律法规的强制性规定，则该协议有效。
   • 然而，该协议仅对肇事方和4S店双方有效，不能对抗第三方，即受害方。受害方因交通事故受损，有权依法请求赔偿，包括但不限于对肇事车辆的保全措施。

2. 受害方保全措施的法律效果：

   • 受害方对肇事车辆采取保全措施，是为了确保在后续的赔偿诉讼中，肇事车辆不会被转移或隐匿，从而保障受害方的合法权益。
   • 保全措施一旦实施，肇事车辆将被限制处分，包括但不限于转让、抵押等，直至相关法律程序结束。

3. 建议解决方案：

   • 沟通协商：首先，建议肇事方、4S店和受害方三方进行沟通协商，寻求一个既能满足受害方赔偿需求，又能兼顾肇事方和4S店利益的解决方案。
   • 法律途径：若协商无果，受害方可以依法向法院提起诉讼，要求肇事方承担赔偿责任。在诉讼过程中，受害方可以申请法院对肇事车辆进行查封、扣押等保全措施，以确保赔偿的实现。
   • 关注协议内容：同时，也建议肇事方和4S店回顾并审视他们之间签署的协议内容，特别是关于款项支付、车辆处置等条款，以确保协议的合法性和有效性，并避免可能的法律纠纷。

综上所述，肇事方与4S店之间的协议不能对抗受害方的保全措施。受害方有权依法对肇事车辆进行保全，并寻求赔偿。建议三方通过沟通协商或法律途径解决争议。如有进一步的法律问题或需要详细的法律咨询，请随时向我提问。