员工流产期间，单位扣工资是不合法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 女员工流产期间的权益保护

1. 根据《女职工劳动保护特别规定》第七条第二款，女职工怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；怀孕满4个月流产的，享受42天产假。这意味着，在流产期间，女员工有权享受产假。
2. 产假期间，女员工应享受与在岗期间相同的待遇，包括工资和福利。

二. 生育津贴与工资的关系

1. 生育津贴是国家法律规定，对职业妇女因生育而离开工作岗位期间，给予的生活费用；为单位已经缴纳生育保险的，生育津贴由生育保险基金支付，而非单位支付。
2. 如果单位未缴纳生育保险，或者生育津贴低于女员工原工资标准，单位应补足差额部分。

三. 单位扣工资的法律后果

1. 如果单位在女员工流产期间扣工资，违反了《女职工劳动保护特别规定》和《劳动法》的相关规定。
2. 女员工有权向劳动监察部门投诉，要求单位补发被扣的工资，并可能面临相应的法律处罚。

综上所述，女员工在流产期间，单位应依法支付工资，不得扣减。如果单位违反了这一规定，女员工可以依法维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。