违建协议无效确实可能是由法院判决的。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 违建行为本身是违反法律法规的，因此，基于违建行为而签订的协议或合同，通常会因违反法律强制性规定而被认定为无效。
法院判决的依据：
- 法院在审理此类案件时，会审查协议的签订背景、目的以及履行情况等因素。
- 如果协议的签订是基于违法的建筑行为，且该行为对公共利益或他人合法权益造成损害，法院一般会认定协议无效。
法律后果：
- 一旦协议被法院认定为无效，双方可能需要恢复原状或采取其他补救措施。
- 法院在判决过程中，会充分考虑当事人的过错程度，并根据过错情况确定各方应承担的责任。
综上所述，违建协议无效确实可能是由法院判决的，且法院会依据相关法律法规和案件事实作出公正的判决。如果你面临此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地维护你的合法权益。作为聂玉冰律师，我专注于婚姻家庭、刑事辩护、房产纠纷、经济纠纷等领域，如有需要，你可以直接向我提问。