核心结论：若二手房存在违建但合同被法院判决有效，您可考虑通过上诉、申请再审或针对违建部分另行主张权利等途径来维护自身权益，具体如下：
分析判决理由，考虑上诉
- 首先，您需要仔细研读法院的判决书，了解法院认定合同有效的具体理由。通常，法院在判决时会基于合同的合法性、双方的真实意思表示、是否违反法律法规的强制性规定等因素进行综合考量。
- 如果您认为法院的判决存在事实认定错误或法律适用不当，比如法院未充分考虑违建对合同效力的影响，您可以在法定期限内（一般为判决书送达之日起十五日内）向上一级人民法院提起上诉。在上诉过程中，您需要提供充分的证据和法律依据来支持您的观点，争取撤销原判或改判。
关注违建处理，另行主张权利
- 即使合同被判决有效，违建部分仍然可能面临被相关部门处罚或拆除的风险。因此，您可以关注违建的处理情况，如果违建被拆除或受到处罚，您可以根据合同中的相关条款（如关于房屋现状的描述、违约责任等）向卖方主张权利，要求其承担相应的违约责任或赔偿损失。
- 如果合同中没有明确约定违建的处理方式或违约责任，您仍然可以依据《民法典》等相关法律法规的规定，向卖方主张因违建导致的实际损失，包括但不限于房屋价值减损、拆除费用、搬迁费用等。
申请再审或抗诉（如符合条件）
- 如果您错过了上诉期限或者上诉后仍未得到满意的结果，且您认为原判决存在《民事诉讼法》规定的再审情形（如新的证据足以推翻原判决、原判决认定事实的主要证据是伪造的、原判决适用法律确有错误等），您可以向法院申请再审。
- 另外，如果您认为原判决存在法定情形且可能损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益的，您还可以向人民检察院申请检察建议或抗诉。
行动建议：
- 尽快收集并整理相关证据，包括房屋买卖合同、违建的相关证据（如照片、视频、政府部门的处罚决定等）、与卖方的沟通记录等。
- 咨询专业律师（即向我咨询），根据您的具体情况制定合适的维权策略。
- 密切关注违建的处理情况，及时采取行动以维护自己的合法权益。