开票超时收入违约金应视具体情况决定是否需要开具发票，并依法进行税务处理。以下是对此问题的详细分析：

一. 违约金的性质与开票要求

1. 属于增值税应税行为的价外费用：

   • 如果违约金是在销售货物、提供应税劳务过程中，因购买方违约（如开票超时）而收取的，这属于增值税应税行为的价外费用。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，此类违约金应并入销售额计算缴纳增值税，并需开具增值税发票。

2. 不属于增值税应税行为：

   • 如果违约金并非因增值税应税行为产生，而是基于其他原因（如合同约定的开票时间超时，但并未与销售商品或提供服务直接相关）收取的，则不需开具增值税发票。此时，可以出具收据或其他合法凭证作为收款证明。

二. 税务处理建议

1. 及时沟通并明确性质：

   • 在收取违约金前，建议与交易对方沟通，明确违约金的性质及是否需要开具发票。这有助于避免后续的税务纠纷和合规问题。

2. 合规开具发票或收据：

   • 根据违约金的性质，依法合规地开具发票或收据。如果需要开具发票，应确保发票内容真实、合法、完整，并按时缴纳相应税款。

3. 保留相关凭证：

   • 无论是开具发票还是收据，都应保留好相关凭证和记录，以备税务检查和审计之需。

三. 特殊情况处理

• 如果违约金金额较大或涉及复杂的税务问题，建议咨询专业的税务人员或律师，以确保合法合规处理。

我建议：在处理开票超时收入违约金时，应首先明确违约金的性质，然后根据相关法律法规和税务规定进行合规处理。如需进一步帮助或咨询，请随时联系我。