跨年付款在建工程并不直接决定其是否为两份。这个问题涉及到的是会计处理和合同履行的层面，而非直接由法律条文所规定。下面我从法律角度和会计处理角度分别进行分析：

一. 法律角度分析

1. 合同履行与付款时间：在合同法框架下，合同的履行和付款时间通常是由合同双方约定的。跨年付款可能只是合同约定的付款时间安排，并不直接决定在建工程是否要分成两份。

2. 在建工程的法律定义：在建工程在法律上通常指的是正在建设中的工程项目，其是否跨年、如何付款并不影响其作为单一工程项目的法律性质。

二. 会计处理角度分析

1. 会计分期原则：会计上，根据分期原则，企业会按照会计年度进行财务报告的编制。跨年付款在建工程在会计处理上可能会涉及两个或更多会计年度的账务记录，但这并不意味着在建工程被分成了两份。

2. 资本化处理：在建工程的支出通常会根据会计准则进行资本化处理，即将其计入固定资产等长期资产的成本中。跨年付款只是支付时间上的安排，不影响资本化处理的本质。

综上所述，跨年付款在建工程并不直接决定其是否为两份。它更多地是会计处理和合同履行层面的问题，而非由法律直接规定。因此，在处理跨年付款在建工程时，应重点关注合同约定的付款时间、会计处理的准确性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。