在建设工程中，若存在两份合同，其中一份有效，一份无效，则通常按照有效合同的约定履行，无效合同自始没有法律约束力。以下是对此情况的具体分析：
一. 合同效力的判断
有效合同：根据《民法典》第一百四十三条，具备下列条件的民事法律行为有效：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。建设工程合同若满足这些条件，则为有效合同。
无效合同：根据《民法典》第一百五十三条及第一百五十四条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为也无效。建设工程合同若存在这些情况，则为无效合同。
二. 合同履行的原则
履行有效合同：在建设工程中，若存在两份合同，且其中一份被认定为有效，那么当事人应当按照有效合同的约定履行各自的义务。
无效合同无约束力：无效合同自始没有法律约束力，当事人无需按照无效合同的约定履行，且因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
三. 实际操作建议
审查合同效力：在建设工程中，若涉及多份合同，应首先审查各份合同的效力，确定哪份合同为有效合同，哪份为无效合同。
按照有效合同履行：一旦确定有效合同，当事人应严格按照该合同的约定履行各自的义务，以确保建设工程的顺利进行。
处理无效合同后果：对于无效合同，当事人应协商处理因该合同产生的财产返还或折价补偿等问题，以避免不必要的纠纷。
我建议，在建设工程中，当事人应谨慎签订合同，确保合同的合法性和有效性。同时，在合同履行过程中，若发现存在无效合同或合同纠纷，应及时咨询专业律师，以维护自身的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。