一般情况下，单位不应将两个工程项目放在一个项目中结算。下面我从法律和专业角度详细解释这一观点：

1. 合同独立性原则：

   • 在建设工程领域，每个工程项目通常都会签订独立的合同，明确各自的权利、义务和结算方式。
   • 将两个工程项目放在一个项目中结算，可能会违反合同独立性原则，导致合同关系混乱，不利于维护双方的合法权益。

2. 财务清晰性要求：

   • 从财务管理角度，每个工程项目应有独立的财务预算、成本核算和结算流程。
   • 合并结算可能会使得财务账目混淆，难以准确反映每个项目的成本、收益和盈亏情况。

3. 税务合规性考虑：

   • 不同的工程项目可能涉及不同的税率、税收优惠政策和税务处理方式。
   • 合并结算可能会引发税务合规性问题，如漏税、错税等，进而给单位带来不必要的税务风险。

4. 项目管理和执行效率：

   • 每个工程项目都有其独特的施工进度、质量控制和安全管理要求。
   • 合并结算可能会使得项目管理和执行效率降低，不利于项目的顺利进行和按时完成。

综上所述，单位在结算工程项目时应遵循合同独立性原则、财务清晰性要求、税务合规性考虑以及项目管理和执行效率的原则，避免将两个工程项目放在一个项目中结算。如果单位在实际操作中遇到相关问题或疑虑，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取准确的法律意见和指导。