施工单位将项目分包给业主单位的子公司，这一行为在大多数情况下是不合法的。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

法律背景

在建设工程领域，项目的分包必须严格遵守相关法律法规，特别是《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招标投标法》以及相关的行政法规和部门规章。这些法律法规对分包行为有明确的限制和规定。

具体分析

1. 分包资格限制：

   • 根据相关法律规定，分包单位必须具备相应的资质和资格，才能承接分包工程。
   • 业主单位的子公司，如果未取得相应的施工资质或资格，则不能作为合法的分包单位。

2. 利益冲突问题：

   • 施工单位将项目分包给业主单位的子公司，可能引发利益冲突。
   • 业主单位作为项目的发包方，其子公司作为分包方，可能在实际施工过程中存在不公平的竞争或利益输送，损害其他施工单位的合法权益。

3. 分包程序的合法性：

   • 分包必须经过严格的程序，包括分包单位的选择、分包合同的签订等。
   • 如果施工单位未经合法程序就将项目分包给业主单位的子公司，那么这种分包行为就是违法的。

4. 法律后果：

   • 如果施工单位违法分包，将面临相应的法律责任，包括行政处罚、合同无效等。
   • 同时，这种违法分包行为也可能导致工程质量问题，进而引发更严重的法律后果。

结论与建议

综上所述，施工单位将项目分包给业主单位的子公司，在大多数情况下是不合法的。这种行为可能违反相关法律法规，引发利益冲突，损害其他施工单位的合法权益，并可能导致严重的法律后果。

因此，我建议施工单位在分包项目时，应严格遵守相关法律法规，选择具备相应资质和资格的分包单位，并确保分包程序的合法性。如果施工单位有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我将竭诚为您提供专业的法律服务。