结论：施工单位不可以直接将工程专业分包给本单位内部不具备独立法人资格的部门或分支机构，但若本单位内部具备独立法人资格的子公司且满足相应资质条件，并经过建设单位认可，则可以进行专业分包。不过，从常规操作和法律风险防控的角度来看，施工单位通常不会将工程专业分包给本单位内部机构，而是选择外部有资质的专业分包单位。
法律背景与详细分析：
分包单位资质要求：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第二十九条，建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位。这意味着，分包单位必须具备独立的法人资格和相应的施工资质，才能承接分包工程。
- 若施工单位试图将工程专业分包给本单位内部不具备独立法人资格的部门或分支机构，这通常不符合法律法规对分包单位资质的要求，因为这些内部机构或分支机构往往不具备独立的法律地位和相应的施工资质。
分包行为的合法性：
- 即便施工单位内部存在具备独立法人资格的子公司，且该子公司具备承接分包工程的相应资质，分包行为也需经过建设单位的认可。这是为了保障建设单位的知情权和选择权，确保分包行为符合合同约定和法律法规要求。
- 若未经建设单位认可，施工单位擅自将工程专业分包给本单位内部的子公司，可能构成违法分包，面临行政处罚和法律责任。
实际操作与风险防控：
- 在实际操作中，施工单位通常不会将工程专业分包给本单位内部机构，因为这可能增加管理成本和法律风险。相反，施工单位更倾向于选择外部有资质的专业分包单位，以明确责任界限、降低管理难度和法律风险。
- 若施工单位确实需要将部分工程专业分包出去，应严格按照法律法规和合同约定进行操作，确保分包单位具备相应资质、分包行为经过建设单位认可，并签订详细的分包合同以明确双方权利义务。
法律建议：
- 施工单位在考虑工程专业分包时，应首先审查分包单位的资质条件，确保其具备独立的法人资格和相应的施工资质。
- 分包行为应经过建设单位的认可，并签订详细的分包合同以明确双方权利义务。
- 施工单位应加强内部管理，避免将工程专业分包给本单位内部不具备独立法人资格的部门或分支机构，以降低法律风险和管理成本。
可能的法律后果：
- 若施工单位违反法律法规和合同约定进行违法分包，可能面临行政处罚，包括但不限于责令改正、没收违法所得、罚款等。
- 违法分包还可能导致工程质量问题、安全事故风险增加以及农民工权益受损等后果，施工单位需承担相应的法律责任和赔偿责任。