中标人的分公司将工程分包是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否满足合法分包的条件。以下是对此问题的详细分析：
合法分包的条件
分包须经招标人同意：
- 中标人若欲将中标项目的部分非主体、非关键性工作分包给分公司或其他单位，必须事先征得招标人的书面同意。这是基于合同相对性原则及招标人对合同履行主体的特定期望。若未经招标人同意，擅自分包则构成违法分包。
分包范围限制：
- 分包内容应严格限于中标项目的非主体、非关键性工作。主体结构及关键性施工任务必须由中标人自行完成，以确保工程质量与安全。若分公司承接的是主体或关键性工作，则分包行为违法。
分公司资质要求：
- 尽管分公司是中标人的分支机构，但在承接分包工程时，仍需具备完成分包任务所需的相应资质。这包括专业承包资质、安全生产许可证等，以确保分包工程的专业性和安全性。若分公司不具备相应资质，则分包行为违法。
禁止二次分包：
- 若分公司承接分包工程后，不得再次将其分包给其他单位或个人。此规定旨在防止层层转包导致的工程管理混乱和责任难以追溯。若分公司违反此规定，则构成违法分包。
违法分包的法律后果
若中标人的分公司分包工程行为违反上述合法分包条件，则构成违法分包。违法分包可能面临的法律后果包括但不限于：
- 行政处罚：责令改正、没收违法所得、罚款、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等。
- 民事责任：因违法分包导致工程出现质量问题或造成其他损失的，相关责任主体（包括中标人及其分公司）需依法承担赔偿责任。
- 刑事责任：在情节严重的情况下，相关责任主体还可能被追究刑事责任。
实际操作建议
严格审查分包条件：
- 中标人在决定将工程分包给分公司前，应严格审查分包条件是否满足合法分包的要求。包括但不限于招标人同意、分包范围限制、分公司资质要求及禁止二次分包等。
完善合同条款：
- 在分包合同中明确双方的权利义务、分包范围、质量标准、安全责任等关键条款。确保合同内容合法合规，避免因合同条款不清而引发纠纷。
加强过程管理：
- 中标人应加强对分公司分包工程的过程管理，包括但不限于施工进度、质量、安全等方面的监督和管理。确保分公司按照合同约定和法律法规要求完成分包工程。
及时咨询法律意见：
- 若在分包过程中遇到法律疑问或纠纷，中标人应及时咨询专业律师的意见。以便及时解决问题，避免法律风险扩大。
综上所述，中标人的分公司将工程分包是否合法，需根据具体情况判断。中标人应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保分包的合法性、合规性。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。