工程造价原有清单和现在做法完全不一样时，应首先核查合同与清单，明确问题所在；其次通过沟通协商尝试解决问题；若协商无果，则依法追究对方的违约责任；最后，必要时可通过法律救济途径维护自己的合法权益。具体处理流程如下：
一. 核查合同与清单
- 核查合同内容：仔细核查工程合同及附件，包括工程量清单、材料清单等，确认是否存在差异。
- 对比实际施工情况：对比实际施工情况与合同清单，明确不符的具体内容和程度。
二. 沟通协商
- 及时沟通：及时与对方（业主或承包商）进行沟通，说明清单与实际不符的情况，提出自己的诉求。
- 尝试协商：双方可尝试通过协商达成补充协议，对原合同进行变更或调整，以反映实际情况。
三. 追究责任
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 收集证据：在追究责任时，应收集并保留相关证据，如施工记录、照片、视频等，以证明对方的违约行为。
四. 法律救济
- 提起诉讼：若协商和追究责任均无法解决问题，受损方可以选择通过法律途径寻求救济，向人民法院提起诉讼，要求对方承担违约责任并赔偿损失。
- 配合法院工作：在诉讼过程中，应积极配合法院的调查和审理工作，提供充分的证据支持自己的主张。
- 例如，在包工包料工程中，如果发现实际施工使用的材料与清单所列不符，且这种不符并非由于设计变更或双方协商所致，那么受损方就可以依据上述流程来维护自己的合法权益。
我的观点是，处理此类问题时，应保持冷静和理性，通过合法途径寻求解决方案，避免采取过激行为导致事态恶化。如有进一步需要，您可以继续咨询我。