公司查出员工使用假证，应当立即向相关机关报告，并配合调查处理。

一. 法律义务与责任

1. 报告义务：根据相关法律法规，公司一旦发现员工使用假证，有义务立即向公安机关或其他相关机关报告。这是维护社会秩序和法律尊严的必要举措。
2. 法律责任：使用假证是违法行为，根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第二百八十条，伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的证件的，以及伪造、变造、买卖居民身份证、护照等依法可以用于证明身份的证件的，都将面临刑事处罚。因此，公司查出员工使用假证后，员工将承担相应的法律责任。

二. 公司处理措施

1. 内部调查：公司应首先进行内部调查，确认假证的具体情况和使用范围，以便向相关机关提供准确的报告。
2. 配合调查：在相关机关介入调查后，公司应积极配合，提供必要的证据和资料，协助机关查明事实。
3. 处理员工：根据公司规章制度和劳动合同，对使用假证的员工进行相应处理，如解除劳动合同、追究赔偿责任等。

三. 风险防范

1. 加强审查：公司在招聘、录用员工时，应加强对员工证件的审查力度，确保员工提供的证件真实有效。
2. 定期培训：定期对员工进行法律培训和职业道德教育，提高员工的法律意识和职业道德水平，防范类似事件的发生。

我建议公司在查出员工使用假证后，应严肃处理并加强内部管理，同时配合相关机关的调查工作。此外，公司还应加强风险防范措施，避免类似事件的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。