合同约定亩产值的百分之二十作为违约金，且合同年限为三年、合同总产值4500万时，违约金应按照合同约定的亩产值的百分之二十来计算。具体分析如下：

一. 违约金的计算依据

• 根据问题描述，合同中明确约定了违约金的计算方式为亩产值的百分之二十。因此，违约金的计算应严格遵循这一约定。

二. 合同总产值与违约金的关系

• 合同总产值4500万是合同三年内的总产值，而违约金的计算是基于亩产值的百分之二十，而非合同总产值。因此，在计算违约金时，应首先确定亩产值的具体数额。

三. 亩产值的确定与违约金的计算

• 亩产值通常指的是每亩土地或每单位产量所对应的产值。由于问题中未给出具体的亩数值或单位产量值，因此无法直接计算出亩产值。但理论上，亩产值可以通过合同总产值除以总亩数或总产量来得出。
• 假设亩产值为X，则违约金应为X的百分之二十，即0.2X。

四. 实际操作建议

• 明确亩产值：首先，需要查阅合同或相关文件，明确亩产值的具体数值或计算方式。
• 计算违约金：根据亩产值和合同约定的百分之二十的比例，计算出具体的违约金数额。
• 协商解决：如果双方对违约金的计算或支付存在争议，建议首先通过协商的方式解决。协商不成时，可以寻求法律途径解决纠纷。

综上所述，违约金的计算应严格遵循合同约定的亩产值的百分之二十的比例进行。在实际操作中，需要明确亩产值的具体数值，并据此计算出违约金。如有进一步需要，您可以继续咨询我。