合同约定亩产值的百分之二十作为违约金，在对方违约的情况下，应根据合同约定的亩产值基数，乘以百分之二十来计算违约金。具体分析如下：
一. 违约金的计算方式：
- 基数确定：首先，需要明确合同中所约定的亩产值具体数值，这是计算违约金的基础。
- 比例应用：根据合同约定，违约金为亩产值的百分之二十，因此，需将确定的亩产值基数乘以百分之二十来得出违约金数额。
- 公式表示：若合同约定的亩产值为A，则违约金为A×20%。
二. 考虑合同年限：
- 虽然合同年限为三年，但违约金的计算并不直接受合同年限的影响，而是基于合同约定的亩产值和违约比例来确定。
- 如果合同中有特别约定，如违约金需按年计算或根据合同年限有所调整，则应按照特别约定执行。但在您提供的信息中，并未提及此类特别约定。
三. 实际案例说明：
- 假设合同约定的亩产值为10万元，那么根据公式A×20%，违约金应为2万元。
- 无论合同年限为一年、三年还是其他时长，只要合同中没有特别约定违约金需随合同年限变化，违约金的计算方式都是相同的。
四. 法律建议：
- 我建议在计算违约金时，务必确保所使用的亩产值基数是合同双方共同确认的，以避免后续产生争议。
- 如果双方对违约金的计算存在分歧，应首先尝试通过协商解决；协商不成时，可向法院提起诉讼，由法院根据合同内容和相关法律规定进行裁决。
综上所述，根据合同约定，亩产值的百分之二十作为违约金，在对方违约的情况下，您应根据合同约定的亩产值基数乘以百分之二十来计算违约金数额。如有进一步需要，您可以继续咨询我。