关于调解土地纠纷协议条款中违约金的计算方式，这通常首先依赖于协议本身的具体约定。以下是对这一问题的详细解答：

1. 合同约定优先：

   • 如果调解协议中明确规定了违约金的计算方式和数额，那么应当严格按照合同中的约定来执行。
   • 合同可能规定每逾期一日按土地价值的一定比例支付违约金，或者规定一个固定的违约金数额。在这种情况下，只需根据合同中的条款和相应的违约情况来计算具体的违约金数额。

2. 考虑实际损失：

   • 如果合同中约定违约金是根据违约造成的损失来赔偿的，那么需要证明实际损失的具体金额。
   • 实际损失可能包括直接损失（如土地上已投入的资金损失）和可得利益损失（如本可通过土地经营获取的预期利润）。
   • 在这种情况下，违约金的计算将更为复杂，需要双方协商或依据相关法律程序来确定具体的损失金额。

3. 未约定违约金的情况：

   • 如果调解协议中并未明确约定违约金的计算方式，那么可以依据相关法律法规及公平原则来确定。
   • 《民法典》等相关法律规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
   • 在没有具体约定的情况下，违约金的计算应充分考虑双方的利益平衡和实际损失情况，确保违约金的数额既不过高也不过低，以维护合同的公平性和有效性。

4. 其他考虑因素：

   • 在计算违约金时，还需要考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及是否采取了适当措施来防止损失的扩大等因素。
   • 如果一方在违约后采取了积极措施来减少损失，那么这部分减少的损失可能不会被计入违约金的计算中。

综上所述，调解土地纠纷协议条款中违约金的计算方式是一个复杂的问题，需要根据合同的具体约定、实际损失情况以及相关法律法规来综合判断。在实际操作中，建议双方充分协商并明确约定违约金的计算方式和数额，以避免未来产生不必要的争议和纠纷。