调解协议中违约金的计算方式主要取决于双方约定，但需遵循法律规定的限度，具体分析如下：

1. 以双方约定为准
   调解协议本质是双方自愿达成的民事合同，违约金条款可由双方协商确定。例如，可约定按未履行部分的百分比（如未付款金额的5%）、固定金额（如一次性支付5000元）或按日计算（如每日按未履行金额的0.1%累加）。
   关键点：约定需明确具体，避免模糊表述（如“适当赔偿”），否则可能因约定不明导致争议。

2. 法律对违约金的限制
   即使双方约定了违约金，法院或仲裁机构也可能根据实际损失调整金额，具体规则如下：

   • 过高调整：若违约金超过实际损失的30%，违约方可主张减少（需提供损失证据）。例如，约定违约金10万元，但实际损失仅5万元，法院可能将违约金调减至6.5万元（5万×130%）。
     
   • 过低调整：若违约金低于实际损失，守约方可主张增加（需证明损失金额）。例如，约定违约金1万元，但实际损失3万元，法院可能将违约金增至3万元。
     法律依据：《民法典》第585条。

3. 特殊场景的违约金计算

   • 分期履行协议：若调解协议约定分期履行（如每月还款），违约金可按每期未履行部分分别计算。例如，第3期未还1万元，违约金按1万元的约定比例计算，而非按总欠款计算。
     
   • 继续履行与违约金并用：若违约导致协议需继续履行（如补交货物），守约方可同时要求支付违约金和赔偿实际损失（如运输费、仓储费等），但需避免重复主张。
     提示：若调解协议未明确违约金计算方式，可参考同类交易习惯或行业惯例，但需以实际损失为基础。

建议：

• 签订调解协议时，明确违约金计算方式（如“逾期每日按未付款的0.05%支付违约金”），并附上实际损失的计算依据（如合同总价、利息标准等）；
  
• 若对方主张调整违约金，需提前准备损失证据（如发票、聊天记录、鉴定报告等）；
  
• 违约金条款与定金、赔偿损失条款不可同时主张，需根据协议内容选择最有利的救济方式。
  

如有具体协议内容或纠纷场景，可进一步向我说明，我会结合细节分析违约金计算的合理性及应对策略。