关于三年合同违约金的计算问题，这确实是一个涉及法律条款和具体情境的复杂问题。首先，需要明确的是，在劳动合同中，违约金的计算并非随意设定，而是受到《中华人民共和国劳动合同法》的严格限制。

一、可设定违约金的法定情形

在三年劳动合同中，仅在以下两种法定情形下，用人单位可以与劳动者约定违约金：

1. 违反服务期约定：

   • 当用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训时，可以与劳动者订立协议，约定服务期。
   • 若劳动者在服务期内离职，违反了服务期约定，则需按照约定支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且应分摊至服务期的每一年。例如，若培训费用为3万元，服务期为3年，劳动者工作1年后离职，则违约金不得超过2万元（即3万元÷3年×2年）。

2. 违反竞业限制约定：

   • 对于负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并在解除或终止劳动合同后，按月给予经济补偿。
   • 若劳动者违反竞业限制约定，则需支付违约金。竞业限制违约金的计算标准由双方自行约定，但法律未明确规定具体数额。在处理相关纠纷时，法院或仲裁机构会综合考虑商业秘密的价值、劳动者的违约行为造成的损失、劳动者在竞业限制期间获得的经济补偿等因素，来判断违约金是否合理。

二、其他情形的处理

除上述两种法定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这意味着，在一般劳动合同履行过程中，若无特殊约定（如服务期或竞业限制），劳动者提前解除合同通常不需支付违约金。

三、实际操作中的注意事项

1. 合同约定：如果劳动合同中明确规定了违约金的数额或计算方法，且符合法律法规的规定，那么应按照合同执行。但请注意，合同中的约定不得违反法律的强制性规定。

2. 法院或仲裁机构裁量：若合同中没有明确规定违约金，或者规定不明确，那么在发生纠纷时，需要根据实际损失、双方过错程度、合同履行情况等因素，由法院或仲裁机构进行裁量。

3. 专业咨询：由于违约金的计算可能涉及多个复杂因素，如培训费用的具体数额、服务期的长短、竞业限制的具体范围等，建议在实际操作中咨询专业律师或法律机构，以确保自身权益得到充分保护。

总结与建议：

在签订三年劳动合同时，双方应明确约定服务期、竞业限制等特殊条款下的违约金数额，并确保该约定符合法律规定。同时，违约金的设定应合理，既体现对违约行为的惩罚，又不超过实际损失的范围。在发生违约情况时，违约金的支付将严格依据合同约定和实际损失情况来确定。如果您对具体的违约金计算有疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询专业律师或法律机构。