伤残军人在单位被扣除公休假工资是不合法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 伤残军人的合法权益

1. 法律保障：根据相关法律法规，伤残军人享有特殊的权益保护，包括在就业、工资、福利等方面的优待。这些优待政策是为了体现国家对伤残军人的关怀和尊重。
2. 公休假工资：公休假是劳动者依法享有的休息权利，公休假工资是劳动者在休假期间应得的报酬。对于伤残军人而言，他们同样享有这一权利，且不应因其伤残身份而受到歧视或不公待遇。

二. 单位扣除公休假工资的法律分析

1. 违反法律规定：如果单位以伤残军人为由扣除其公休假工资，这实际上是对伤残军人合法权益的侵犯，违反了相关法律法规对伤残军人的保护规定。
2. 法律后果：单位若违法扣除伤残军人的公休假工资，将面临法律责任，包括但不限于被责令改正、支付赔偿金等。

三. 建议与措施

1. 与单位沟通：伤残军人若遭遇此类情况，首先应与单位进行沟通，明确表达自己的合法权益和诉求，要求单位纠正错误做法。
2. 寻求法律援助：如果单位拒不改正，伤残军人可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
3. 向相关部门投诉：伤残军人还可以向当地人力资源和社会保障部门、退役军人事务部门等投诉，请求这些部门介入调查并处理。

综上所述，伤残军人在单位被扣除公休假工资是不合法的。我建议伤残军人积极维护自己的合法权益，通过与单位沟通、寻求法律援助或向相关部门投诉等方式来解决问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。