临期食物发现晚了不应该直接扣员工工资。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动关系的基本原则：

   • 劳动关系中，雇主与员工之间应遵循公平、公正的原则。扣减员工工资应基于明确的规章制度或合同约定，并且需要有合理的理由。

2. 临期食物的管理责任：

   • 临期食物的管理通常是商家或雇主的责任，包括定期检查、及时下架等。员工可能负责具体执行这些任务，但最终的管理责任仍属于雇主。
   • 如果临期食物未及时发现并处理，这更多反映了管理上的疏忽，而非员工个人的过错。

3. 扣减工资的依据：

   • 扣减员工工资应基于明确的规章制度或劳动合同中的约定。如果规章制度或合同中未明确规定临期食物未发现可以扣减工资，那么雇主就无权以此为由扣减员工工资。
   • 即便规章制度或合同中有相关规定，也需要考虑该规定是否合理、是否违反了法律法规的强制性规定。

4. 合理的处理方式：

   • 如果临期食物确实未及时发现并导致了损失，雇主应首先反思自身的管理问题，并采取措施改进。
   • 对于员工，可以通过培训、提醒等方式加强其对临期食物管理的认识，但不应直接扣减工资。
   • 如果员工在临期食物管理中存在严重失职或故意行为，雇主可以根据规章制度或劳动合同中的约定采取相应措施，但这也需要确保措施的合法性和合理性。

综上所述，临期食物发现晚了不应该直接扣员工工资。雇主应反思自身管理问题，并采取措施改进，同时加强员工的培训和教育，以确保类似问题不再发生。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要更详细的咨询，请直接向我提问。