药食同源合法开店需要同时取得药品经营许可证和食品经营许可证。具体分析如下：

一. 药品经营许可证的办理

1. 依据与条件：根据《中华人民共和国药品管理法》第五十一条，从事药品批发或零售活动，必须经所在地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门或县级以上地方人民政府药品监督管理部门批准，取得药品经营许可证。同时，需满足《中华人民共和国药品管理法》第五十二条规定的条件，包括有依法经过资格认定的药师或其他药学技术人员、有与所经营药品相适应的营业场所、设备、仓储设施和卫生环境等。
2. 办理流程：向所在地药品监督管理部门提交申请，并按照要求提供相关资料，如企业法人营业执照、药品经营质量管理规范文件、药师资格证明等。经审核通过后，颁发药品经营许可证。

二. 食品经营许可证的办理

1. 依据：根据《中华人民共和国食品安全法》第二条，从事食品销售和餐饮服务活动，应当遵守该法，并需取得食品经营许可证。
2. 办理流程：向所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门提交申请，提供食品经营场所、设备、设施、卫生条件等方面的资料，以及食品安全管理制度、食品安全管理人员等资料。经审核通过后，颁发食品经营许可证。

三. 综合建议

• 在办理过程中，需确保同时满足药品和食品经营的相关法律法规要求，包括人员资质、场所设施、质量管理制度等。
• 如有任何疑问或需要进一步的帮助，可以向当地药品监督管理部门或食品安全监督管理部门咨询。
• 我建议在开店前，充分了解和熟悉相关法律法规，确保合法合规经营，避免后续的法律风险。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。