怀孕期间员工不配合工作，用人单位应首先尝试通过沟通和调整工作岗位或工作量来解决问题，同时确保遵循相关法律法规，不得随意解除劳动合同。

一. 沟通与调整岗位

1. 沟通：首先，建议用人单位与怀孕员工进行深入沟通，了解其不配合工作的具体原因。可能是身体原因、家庭压力或是工作上的不满等。通过沟通，可以增进理解，找到问题的根源，并尝试解决。
2. 调整岗位或工作量：如果怀孕员工因身体原因无法胜任原工作，用人单位应根据《女职工劳动保护特别规定》第六条，根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。这既体现了对员工的关怀，也符合法律规定。

二. 遵循法律法规

1. 不得解除劳动合同：根据《女职工劳动保护特别规定》第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。因此，即使员工在怀孕期间不配合工作，用人单位也不能轻易解除劳动合同。
2. 严重违纪情况：然而，这并不意味着怀孕员工可以无视公司的规章制度。如果员工存在严重违纪行为，如旷工、打架斗殴等，用人单位可以依据《劳动合同法》的相关规定，解除与员工的劳动合同。但在此过程中，必须确保程序的合法性和证据的充分性。

三. 收集证据与客观判断

1. 收集事实证据：对于员工的不配合工作行为，用人单位应收集相关证据，如工作记录、沟通记录、同事证言等，以便做出客观判断。
2. 避免主观臆测：在评估员工行为时，应避免主观臆测和片面之辞。应基于事实证据进行客观判断，确保处理的公正性和合理性。

我建议：在处理怀孕期间员工不配合工作的问题时，用人单位应秉持人文关怀和法治精神，通过沟通、调整岗位或工作量等方式解决问题。同时，也要确保遵循相关法律法规，不得随意解除劳动合同。如有进一步需要，您可以继续咨询我。