可以申请管辖权异议，但具体能否成功需根据实际情况和法律规定来判断。
在借款合同中，即使双方已经约定了某些条款，但这并不妨碍一方在特定情况下申请管辖权异议。管辖权异议的提出，主要是基于民事诉讼法中关于管辖的规定，以及合同中的相关约定是否违反这些规定。
合同约定与法律规定：首先，要看借款合同中关于管辖的约定是否明确，以及是否符合民事诉讼法中关于协议管辖的规定。如果合同中的管辖约定有效且明确，那么通常应当按照约定来确定管辖法院。但如果约定不明确，或者违反了法律关于级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定可能无效。
申请管辖权异议的条件：在合同约定的管辖法院不符合法律规定，或者没有约定管辖法院的情况下，一方当事人可以根据民事诉讼法的规定，向受理案件的法院提出管辖权异议。提出异议时，需要说明理由，并提供相关证据支持。
法院审查与裁定：法院在收到管辖权异议申请后，会进行审查。如果认为异议成立，法院会裁定将案件移送至有管辖权的法院；如果认为异议不成立，则会裁定驳回异议。
因此，即使在借款合同中写了条款，但如果这些条款关于管辖的约定不明确或违反法律规定，或者存在其他法定情形，当事人仍然有权申请管辖权异议。但需要注意的是，申请管辖权异议应当在提交答辩状期间提出，并且需要符合法律规定的条件和程序。
如果你在具体案件中遇到了管辖权异议的问题，可以将详细情况告诉我，我会根据你的具体情况给出更具体的分析和建议。