两个借款合同不同管辖时，能否在其中一个法院起诉，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定管辖优先
若两个借款合同均明确约定了管辖法院：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”
- 在此情况下，应遵循合同约定，向约定的管辖法院提起诉讼。若两个合同约定的管辖法院不同，则不能随意选择其中一个法院起诉，而需按照各自合同的约定进行。
若合同中未约定管辖或约定不明确：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条：“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。”
- 此时，原告可以选择向被告住所地或合同履行地的人民法院提起诉讼。若两个借款合同的被告住所地或合同履行地不同，则原告需根据实际情况选择其中一个有管辖权的法院起诉。
二、考虑实际连接点与便利性
实际连接点：
- 除了合同约定的管辖法院外，法院还会考虑案件与管辖地的实际连接点，如被告住所地、合同履行地等。
- 若原告认为某个法院与案件有更紧密的实际连接点，且该法院具有管辖权，则可以选择向该法院提起诉讼。
便利性：
- 原告在选择管辖法院时，还可以考虑诉讼的便利性，如距离、交通、诉讼成本等因素。
- 若某个法院在地理位置上更接近原告或更便于原告进行诉讼活动，且该法院具有管辖权，则原告可以选择向该法院提起诉讼。
三、特殊情况下的管辖
共同诉讼：
- 若两个借款合同涉及同一原告和同一被告，且案件事实相互关联，原告可以考虑将两个案件合并为一个共同诉讼提起。
- 在此情况下，管辖法院的选择需遵循共同诉讼的相关规定，通常可以选择向其中一个被告住所地或合同履行地的人民法院提起诉讼。
协议管辖的补充：
- 若两个借款合同均未约定管辖，但原告和被告在诉讼前或诉讼中达成协议，选择某个法院作为管辖法院，且该协议不违反法律规定，则原告可以按照协议向该法院提起诉讼。
法律建议
- 仔细审查合同条款：在提起诉讼前，原告应仔细审查两个借款合同的管辖条款，确保选择正确的管辖法院。
- 咨询专业律师：若对管辖法院的选择存在疑问或不确定，原告可以咨询专业律师，以获取更准确的法律建议。
- 准备充分证据：无论选择哪个法院起诉，原告都应准备充分的证据，以支持自己的诉讼请求。
若您在此类问题上仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。