扣教师绩效工资来发超代课费是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 教师绩效工资的性质与法律依据

1. 教师绩效工资的性质：教师绩效工资是根据教师的教学效率、完成的任务数量和质量来确定的，是对教师工作表现的奖励，属于教师的劳动报酬的一部分。它旨在激励教师积极工作，提高教学质量。

2. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第七十八条，解决劳动争议应根据合法、公正、及时处理的原则，依法维护劳动争议当事人的合法权益。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着学校作为用人单位，必须按照合同约定向教师支付绩效工资，不得随意扣除。

二. 扣除教师绩效工资的合法性分析

1. 扣款条件：学校只有在特定条件下才能扣除教师的绩效工资，如教师违反学校规章制度、未完成教学任务或工作失误给学校造成经济损失等。这些情况下，学校可以依据相关规定和合同约定对教师进行绩效扣款。但扣款必须合理合法，不能超出法定范围和合同约定。

2. 扣款用途：学校扣除的教师绩效工资应专款专用，用于与教师绩效相关的支出，如奖励优秀教师、改善教学条件等。将扣款用于学校其他方面，如发超代课费、弥补行政经费不足、建设校园设施等，属于挪用教师劳动报酬的行为，侵犯了教师的合法权益。

三. 教师绩效工资的发放与管理

1. 发放原则：教师绩效工资的发放应遵循按劳分配、多劳多得、优绩优酬的原则，确保教师的收入水平与其工作表现和教学质量相匹配。

2. 管理规范：学校应建立和完善教师绩效工资的管理制度，明确绩效工资的考核标准、发放程序和监督机制，确保绩效工资的合理支付和专款专用。

我的建议：如教师发现自己的绩效工资被非法扣除用于发超代课费或其他非绩效相关支出，应首先与学校进行沟通协商，了解具体情况并要求学校纠正错误。如协商无果，教师有权向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。