未经备案从事动物运输的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，处三千元以上三万元以下罚款；情节严重的，责令停业整顿，并处三万元以上十万元以下罚款。具体分析如下：
一. 法律依据明确
- 根据《中华人民共和国动物防疫法》第九十八条，违反本法规定，未经备案从事动物运输的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门进行处罚。这一条款直接规定了未经备案从事动物运输的法律后果。
二. 处罚措施具体
- 初次违规：对于未经备案从事动物运输的行为，首先由农业农村主管部门责令改正，并处以三千元以上三万元以下的罚款。这是一种相对较轻的处罚，旨在给予违规者改正的机会。
- 情节严重：如果违规情节严重，除了责令改正和罚款外，还将责令停业整顿，并处以三万元以上十万元以下的罚款。这种处罚更为严厉，旨在震慑和惩罚那些严重违反法规的行为。
三. 实例说明
- 例如，某物流公司未经备案就从事生猪运输业务，被农业农村主管部门查处。根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，该公司将面临责令改正和罚款的处罚。如果情节严重，还可能被责令停业整顿，并承担更高的罚款。
综上所述，未经备案从事动物运输是违反《中华人民共和国动物防疫法》的行为，将受到相应的法律处罚。我建议从事动物运输的单位和个人务必按照法规要求进行备案，以确保合规经营，避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。