导员以团员关系未转出为由扣押毕业证是不合法的。

首先，我们需要明确的是，毕业证是学生在完成学业后，由学校颁发的证明其学历的证件。这个证件的颁发应该基于学生是否完成了学业以及是否达到了毕业要求，而不应该与其他非学术性的事务挂钩。

团员关系的转出是团组织内部的管理事务，与学业和毕业证的颁发没有直接的联系。虽然团组织可能会鼓励学生及时转接团员关系，但这并不能成为扣押毕业证的理由。如果导员以团员关系未转出为由扣押了学生的毕业证，那么这种行为就违反了学校颁发毕业证的原则和规定。

此外，如果导员确实存在扣押毕业证的行为，学生可以通过与学校相关部门沟通、申诉或者寻求法律援助等方式来维护自己的权益。同时，学校也应该加强对导员等教职工的管理和培训，确保他们不会以任何不合理的理由侵犯学生的权益。

综上所述，导员以团员关系未转出为由扣押毕业证是不合法的，学生应该积极维护自己的权益，并寻求相关部门的帮助和支持。