不算超时起诉。根据我国相关法律规定，劳动仲裁的时效期间一般为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。但存在一些特殊情况可以中断或中止时效期间的计算，比如你一直与老板保持电话联系催促结算工资，这就属于“向对方当事人主张权利”的情形，可以导致仲裁时效中断。每次中断后，仲裁时效期间都会重新计算。因此，只要你能证明这期间你一直在向老板主张权利，那么你的仲裁请求就不会因为超过两年而被视为超时。
具体来说：
仲裁时效的中断：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条第二款规定，前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。你与老板的电话联系，如果内容涉及催讨工资，即构成“向对方当事人主张权利”，可以中断仲裁时效。
证据的收集：为了证明你一直在向老板主张权利，建议你保存好与老板的通话记录、短信或其他书面证据。这些证据在后续的仲裁程序中将起到关键作用。
及时提起仲裁：尽管你的仲裁请求可能未超时，但我还是建议你尽快准备相关证据，并向当地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。因为随着时间的推移，证据的收集可能会变得更加困难，而且老板的经营状况也可能发生变化，影响你的权益实现。
综上所述，你与老板一直保持电话联系催讨工资，不构成超时起诉。但为了确保你的权益得到保障，建议你尽快收集证据并提起仲裁申请。如果你在这个过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。