对于犯罪嫌疑人羁押后事实不清的案件，应当依据法律规定，作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

一. 法律依据

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百条的规定，在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，对于证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

二. 处理流程

1. 侦查阶段：侦查人员会尽力收集证据，对犯罪嫌疑人进行讯问，并让其陈述有罪的情节或无罪的辩解。若此时事实不清、证据不足，侦查机关可能会继续调查或撤销案件。

2. 审查起诉阶段：检察机关会对侦查机关移送的案件进行审查。若检察机关认为证据不足，可能会要求侦查机关补充侦查，或者直接作出不起诉决定。

3. 审判阶段：若案件进入审判阶段，法院会依据已经查明的事实、证据和有关的法律规定进行判决。若法院认为证据不足，不能认定被告人有罪，则会作出无罪判决。

三. 实例说明

• 例如，某犯罪嫌疑人因涉嫌盗窃被羁押，但侦查机关收集到的证据不足以证明其有盗窃行为。在此情况下，若检察机关认为证据不足，可能会要求侦查机关继续调查或直接作出不起诉决定。若案件进入审判阶段，法院也会依据证据情况作出无罪判决。

我建议，在处理此类案件时，应严格遵循法律规定，确保犯罪嫌疑人的合法权益得到保障。同时，侦查机关和检察机关也应尽职尽责，努力收集证据，以确保案件的公正处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。