针对您提出的问题“厂房没证但是有罚款单是否违法”，首先我们需要明确一点：违法行为的判定是基于是否违反了相关的法律法规，而罚款单只是对这种违法行为的一种处罚措施。

从您提供的参考信息来看，信宜市的一个经济合作社因为未取得《乡村建设规划许可证》和《建筑工程施工许可证》就擅自进行厂房建设，并被相关部门依据《中华人民共和国城乡规划法》、《广东省城乡规划条例》以及《建筑工程施工许可管理办法》等法律法规进行了处罚。这个例子清楚地说明了，无证建设厂房是违法的，而罚款单是对这种违法行为的处罚结果。

因此，回答您的问题：厂房没证但是有罚款单，说明该厂房的建设存在违法行为，并且已经因为这种行为受到了处罚。罚款单本身并不能改变违法行为的性质，它只是法律对违法行为进行制裁的一种方式。

总的来说，无论是否有罚款单，无证建设厂房都是违法的。如果您或您所在的组织面临类似的情况，建议尽快咨询专业的法律人士，了解具体的法律规定和可能的法律后果，以便采取合适的措施来解决问题。