公司怀疑员工吃回扣，不能直接报警，但可以向公安机关报案。具体分析如下：

1. 报案的前提：

   • 公司若仅怀疑员工吃回扣，公安机关通常不会仅凭怀疑就立案。公司需要有初步证据表明员工可能存在吃回扣的行为，如交易记录异常、供应商的相关说明等。

2. 法律角度的解读：

   • 员工吃回扣的行为，如果符合非国家工作人员受贿罪的构成要件，即公司、企业或其他单位工作人员利用职务便利，索取或非法收受他人财物并为其谋利，且数额较大，那么公安机关在审查认定有犯罪事实且需追究刑事责任时，会依法立案侦查。

3. 公司的内部处理：

   • 在向公安机关报案之前，公司也可以先通过内部调查程序，如查看财务账目、询问相关人员等，以收集更多的证据。
   • 如果内部调查后有充分证据，公司除了考虑向公安机关报案外，还可以通过民事诉讼要求员工返还不当得利。

4. 报案的流程与注意事项：

   • 公司应收集交易异常记录、资金往来明细等证据，确保证据真实、合法、有效。
   • 向当地公安机关报案，并提交所收集的证据。在报案过程中，要清晰表述事情经过，并提供相关证据材料。
   • 公安机关会结合证据、情节等判断是否达到立案标准，进而决定是否立案。

综上所述，公司怀疑员工吃回扣时，应先收集初步证据，然后向公安机关报案。公安机关会依法进行审查，并根据事实和法律规定决定是否立案。如果员工的行为构成犯罪，将依法追究其刑事责任。同时，公司也可以考虑通过民事诉讼等途径维护自身的合法权益。