针对“城镇开发边界外已有合规企业怎么办”的问题，以下是根据自然资源部发布的《关于做好城镇开发边界管理的通知(试行)》提供的详细解答：

首先，需要明确的是，城镇开发边界是国土空间规划中的重要组成部分，用于界定城镇建设的范围。根据《通知》的要求，城镇开发边界外原则上不得进行城镇集中建设，也不得规划建设各类开发区和产业园区，以及城镇居住用地。这是为了维护“三区三线”划定成果的严肃性和权威性，确保城镇建设的有序进行。

然而，对于城镇开发边界外已有的合规企业，即那些已经依法依规批准且完成备案的建设用地，已办理划拨或出让手续，并已核发建设用地使用权权属证书的企业，《通知》也给出了相应的处理办法。具体来说，这类企业如果确需纳入城镇开发边界内，可以按照相关规定进行申请，并经过法定程序进行审批。在审批过程中，需要确保城镇建设用地规模和城镇开发边界扩展倍数不突破既定的规划指标。

此外，对于因国家和省重大战略实施、重大政策调整、重大项目建设等特殊情况需要调整城镇开发边界的，《通知》也明确了可以进行局部优化的情形。这些优化调整同样需要经过严格的审批程序，并确保符合国土空间规划的整体要求。

总的来说，对于城镇开发边界外已有的合规企业，应根据具体情况进行妥善处理。如果确实需要纳入城镇开发边界内，应按照相关规定进行申请和审批，并确保符合国土空间规划的要求。同时，政府也应加强监管和规划引导，确保城镇建设的有序进行和土地资源的合理利用。