对于房产开发企业出现的非法建筑问题，相关部门会采取一系列严谨且依法依规的处理措施。以下是对这一问题的详细解答：
一、非法建筑的处理流程
调查认定：
- 相关行政部门，如城乡规划主管部门，会首先对建筑是否违法进行调查。
- 调查过程中会收集充分证据，以确定建筑是否未取得建设工程规划许可证等法定证件。
责令停止建设与处罚：
- 若建筑被认定为非法，相关部门会立即责令停止建设。
- 对于能够改正以消除对规划实施影响的建筑，会限期改正并处罚款。
- 对于无法改正或消除影响的建筑，将限期拆除。
- 若建筑不能拆除，则会没收实物或违法收入，并处以罚款。
强制执行与费用承担：
- 若当事人不履行限期拆除决定，行政机关会进行催告。
- 经催告后仍不拆除的，行政机关可作出强制执行决定，并依法强制拆除。
- 强制拆除的费用由当事人承担。
复议与诉讼：
- 当事人对处理决定不服的，可以申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的权益。
二、处理过程中的注意事项
物品损失界定与处理：
- 在拆除非法建筑时，应尽量避免对屋内物品造成损坏。
- 若因拆除造成物品损失，应依法进行赔偿或协商处理。
多方利益协调：
- 若非法建筑涉及多方利益，如存在多个建造者或使用者，应依法进行协调解决。
- 可能会通过协商、调解或法律途径来明确各方责任与权益。
三、对房产开发企业的建议
合规经营：
- 房产开发企业应严格遵守相关法律法规，确保所有建筑项目均取得合法手续。
- 加强内部管理，防止因疏忽或故意违法行为导致的非法建筑问题。
积极应对：
- 若面临非法建筑问题，企业应积极配合相关部门的调查与处理。
- 及时采取措施整改或拆除非法建筑，以减少损失并恢复合规状态。
法律维权：
- 若对处理决定有异议，企业应依法申请复议或提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，对于房产开发企业的非法建筑问题，相关部门会依法依规进行处理。企业应积极配合调查与处理工作，并加强内部管理以确保合规经营。同时，若对处理决定有异议，应依法进行维权。