针对您提出的“非法占地建设房屋有违法所得怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理法律法规的严肃议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、立即停止违法行为
一旦发现存在非法占地建设房屋的情况，首要任务是立即停止一切建设活动。这是避免违法事实进一步扩大和减少后续法律责任的关键步骤。
二、主动申报并接受处理
建议您主动向当地自然资源主管部门或相关部门申报自己的违法行为，并积极配合调查和处理工作。主动申报不仅有助于您获得一定的从轻处理，还能体现您的悔过态度，对后续处理有积极影响。
三、行政处罚措施
责令停止建设：相关部门在发现非法占地建房后，会立即责令建设者停止施工。若拒不执行，将面临更严厉的处罚。
限期改正：对于符合土地利用总体规划和城乡规划的违法建筑，您需在规定期限内采取改正措施，如补办审批手续、补交相关费用等，以使建房行为合法化。
限期拆除：若违法建筑不符合规划或无法消除影响，行政机关将责令限期自行拆除。逾期不拆的，将依法申请人民法院强制执行，相关费用由您承担。
没收实物或违法收入：对于擅自改变农用地用途且新建建筑符合规划的，县级以上人民政府自然资源主管部门可对违法建筑进行没收，并可没收违法所得。这是针对您提到的“有违法所得”情况的直接处理措施。
罚款：根据《土地管理法》，非法占地建房者可并处非法占用土地每平方米100元以上1000元以下的罚款。罚款的具体数额将根据违法情节的严重程度和占地面积等因素确定。
四、刑事责任追究
若非法占地建房行为情节严重，触犯刑法（如非法占用农用地罪），您将被追究刑事责任。这可能涉及五年以下有期徒刑、拘役及罚金等法律后果。因此，务必重视违法行为的严重性，避免触犯法律红线。
五、纪律处分（如适用）
对于国家机关工作人员参与的非法占地建房行为，除上述法律责任外，还将受到警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等纪律处分。这是针对特定身份人员的额外处理措施。
六、预防与建议
为了避免类似违法行为的再次发生，我建议您在进行任何建设活动之前，务必详细了解并遵守相关法律法规和规划要求，确保建设行为的合法性。同时，如对具体法律问题有疑问或需进一步帮助，请咨询专业律师或相关法律机构，以获取准确的法律意见和指导。
综上所述，非法占地建设房屋有违法所得将面临责令停止建设、限期改正、限期拆除、没收实物或违法收入、罚款等行政处罚；情节严重者还可能被追究刑事责任及纪律处分。因此，我强烈建议您立即停止违法行为，主动申报并接受处理，以避免更严重的法律后果。