针对您提出的“非法占有农用地的违法所得怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
非法占有农用地是一个严重的法律问题，它涉及未经合法批准或违反土地使用规定而占用农用地的行为。对于此类行为，我国法律有明确的处理措施和相应的法律责任，特别是针对违法所得的处理。
一、违法所得的处理方式
没收违法所得：
- 若通过非法占有农用地行为获取了经济利益，如通过非法转让、出租或以其他方式使用农用地而获得的收益，相关部门将依法没收这些违法所得。这是法律对非法行为的一种经济制裁，旨在剥夺非法行为者的经济利益，从而遏制非法占用农用地的行为。
罚款：
- 除了没收违法所得外，法律还规定了对非法占用农用地的行为可以并处罚款。罚款的数额根据非法占用土地的面积、性质以及造成的后果等因素确定，旨在进一步惩罚非法行为者，并起到警示作用。
二、相关法律依据
- 《中华人民共和国土地管理法》：该法明确规定了非法占用土地的处理措施，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状，以及没收违法所得和并处罚款等。
- 《中华人民共和国刑法》：对于非法占用农用地且情节严重的行为，如非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成大量毁坏的，将构成非法占用农用地罪，依法追究刑事责任。
三、处理流程
- 调查取证：相关部门在发现非法占用农用地的行为后，会进行调查取证，收集相关证据以证明非法行为的存在和违法所得的数额。
- 作出处理决定：根据调查取证的结果，相关部门会依法作出处理决定，包括没收违法所得、罚款等。
- 执行处理决定：处理决定作出后，相关部门会负责执行，确保违法所得被依法没收，罚款被及时缴纳。
四、建议与预防
- 遵守法律法规：建议广大民众严格遵守土地管理法律法规，不参与任何形式的非法占用农用地活动。
- 加强宣传教育：政府应加强土地管理法律法规的宣传和教育，提高公众对土地保护和合理利用的认识。
- 加大执法力度：相关部门应加大执法力度，及时查处和曝光非法占用农用地的行为，形成有效震慑。
综上所述，非法占有农用地的违法所得将被依法没收，并可能面临罚款等经济制裁。同时，对于情节严重的行为，还将依法追究刑事责任。因此，我们应严格遵守土地管理法律法规，共同保护宝贵的土地资源。