在公司注销并计划将员工关系转移到新公司的情况下，如果员工不同意这一安排，处理起来需要遵循相关法律法规，并确保员工的合法权益得到妥善保障。以下是我根据《劳动合同法》及相关法规为你提供的详细解答：
核心结论
公司可以直接结束与不同意转移劳动关系的员工的劳动合同，但需依法支付经济补偿金。
详细解答
劳动合同终止的法律依据：
- 根据《劳动合同法》第四十四条，用人单位被依法宣告破产、被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的，劳动合同终止。在你所述的情况下，公司决定注销，即属于“用人单位决定提前解散”的情形，因此劳动合同可以终止。
经济补偿金的支付：
- 根据《劳动合同法》第四十六条，用人单位依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿金。经济补偿金的具体计算方式通常依据员工在公司的工作年限来确定，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
员工不同意转移的处理：
- 对于不同意将劳动关系转移到新公司的员工，公司需要在注销前与这些员工进行沟通，并告知他们因公司注销而终止劳动合同的原因。同时，按照上述经济补偿金的规定，向这些员工支付相应的经济补偿金。
新公司的工作年限计算：
- 对于同意将劳动关系转移到新公司的员工，根据《劳动合同法实施条例》第十条，劳动者在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。这意味着，员工在新公司的工作年限将包括在原公司的工作年限，但前提是原公司未向这些员工支付过经济补偿金。
实际操作建议
- 在处理员工不同意转移劳动关系的问题时，公司应确保整个过程的合法性和透明度。
- 与员工进行充分沟通，解释公司注销的原因以及劳动关系转移的必要性和好处。
- 对于不同意转移的员工，及时按照法律规定支付经济补偿金，并妥善处理好他们的离职手续。
- 确保新公司能够接收并认可原公司员工的工作年限，以保障员工的合法权益不受损害。
希望以上解答能够帮助你妥善处理公司注销过程中遇到的员工关系转移问题。如果你还有其他法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。