当公司被吸收合并时，员工不同意将劳动关系转移至新公司，是有法律依据的。下面我将详细为您解释这个问题。

法律依据与基本原则

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。然而，这并不意味着员工的劳动关系可以无条件地转移至新公司。在劳动关系转移的过程中，必须充分尊重员工的意愿和权益。

员工转移的具体程序与操作

1. 通知与沟通：

   • 合并双方应首先书面通知员工合并事宜，并详细解释合并计划、时间表以及对员工权益的具体影响。同时，应充分解答员工的疑问，确保员工对合并事宜有清晰的了解。

2. 协商与同意：

   • 若因合并导致劳动条件（如工作岗位、工资待遇、工作地点等）发生实质性变更，新公司需与员工进行协商，并达成一致意见。员工有权根据自身情况选择是否同意转移劳动关系。

3. 员工拒绝的情况：

   • 若员工不同意劳动关系转移，且该拒绝是基于合理的、与劳动条件变更相关的原因，那么员工有权要求与原公司协商解除劳动合同，并可能根据法律规定获得相应的经济补偿。
   • 若员工无正当理由拒绝转移，且新公司提供的劳动条件不低于原合同约定的标准，那么员工拒绝转移可能被视为主动解除劳动合同，此时员工可能无法获得经济补偿。

员工权益的保障

• 在整个合并及劳动关系转移过程中，应充分保障员工的知情权、协商权和选择权。
• 新公司应确保承接原公司的所有劳动义务，包括但不限于工资待遇、社保缴纳、工作年限计算等。
• 若因合并导致员工权益受损，员工有权依法向劳动行政部门投诉或提起劳动仲裁，维护自身合法权益。

综上所述，当公司被吸收合并时，员工有权根据自身情况选择是否同意将劳动关系转移至新公司。若员工不同意且该拒绝有合理依据，那么员工有权要求与原公司协商解除劳动合同，并可能获得经济补偿。因此，员工不同意劳动关系转移是有法律依据的。