在公司被吸收合并的情况下，员工不同意转移劳动关系是一个需要谨慎处理的问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律法规依据
- 《劳动合同法》第四十四条：规定了劳动合同终止的几种情形，其中包括用人单位被依法宣告破产、被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的。在这些情况下，劳动合同可以终止。
- 《劳动合同法》第四十六条：规定了用人单位应当向劳动者支付经济补偿的情形，其中包括用人单位依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的。
- 《劳动合同法实施条例》第十条：规定劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作的，劳动者在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。
二、处理建议
沟通协商：
- 首先，公司应与不同意转移劳动关系的员工进行深入的沟通，解释公司被吸收合并的背景、原因以及合并后对员工的好处。
- 尝试了解员工的具体顾虑和需求，看是否能通过调整工作岗位、薪资待遇或其他条件来达成共识。
依法终止劳动合同并支付经济补偿：
- 如果经过沟通协商，员工仍然不同意转移劳动关系，并且公司决定结束经营或进行注销，那么公司可以依据《劳动合同法》第四十四条的规定，终止与这些员工的劳动合同。
- 在终止劳动合同时，公司应依据员工在本公司的工作年限，按照《劳动合同法》第四十六条的规定支付经济补偿金。
确保合并后的权益继承：
- 对于同意转移劳动关系的员工，公司应确保他们在原公司的工作年限、薪资待遇、福利待遇等能够合并计算到新公司。
- 同时，公司也应明确住房公积金缴存责任主体等相关事宜，确保员工的合法权益不受损害。
三、注意事项
- 遵守法律法规：在处理员工不同意转移劳动关系的问题时，公司必须严格遵守相关法律法规的规定，确保所有操作都合法合规。
- 尊重员工权益：公司应充分尊重员工的权益和意愿，避免采取强制或不当手段迫使员工接受转移劳动关系的决定。
- 做好善后工作：对于终止劳动合同的员工，公司应做好善后工作，包括支付经济补偿金、办理离职手续等，确保员工能够顺利离职并找到新的工作。
综上所述，处理公司被吸收合并时员工不同意转移劳动关系的问题需要谨慎而周到。公司应依法依规进行操作，确保员工的合法权益得到保障。