国有企业员工违法犯罪是一个严重的问题，需要综合考虑法律层面和企业内部规章制度来妥善处理。以下是对该问题详细且深度的解答：
一、法律层面的处理
报警与立案侦查：
- 国有企业一旦发现员工涉嫌违法犯罪，应立即向有管辖权的公安机关报案，或根据犯罪性质向相应的司法机关（如监察机关）报告。
- 公安机关或监察机关将依法进行立案侦查，收集证据，并查明犯罪事实。
司法程序的进行：
- 若侦查终结后，证据确凿且犯罪事实清楚，案件将被移送人民检察院审查起诉。
- 人民检察院经审查认为符合起诉条件的，将依法向人民法院提起公诉。
- 人民法院将依法对案件进行审理，并根据犯罪的性质、情节以及犯罪人的认罪态度等因素，作出公正的判决，并判处相应的刑罚。
企业的配合义务：
- 国有企业应积极配合司法机关的调查和处理工作，提供必要的证据和协助，以确保司法程序的顺利进行。
二、企业内部纪律处分层面
依据规章制度处理：
- 国有企业应制定并完善员工纪律和行为规范等规章制度，明确员工违法犯罪的处理办法。
- 对于构成犯罪的员工，企业可根据内部规章制度给予相应的纪律处分，如警告、记过、降职、撤职等。
- 若员工的行为虽构成违法但未达刑事处罚程度，企业也可根据内部规定进行处罚，以维护企业秩序和管理规范。
职务与薪酬的调整：
- 在案件侦查和处理过程中，企业可根据实际情况暂停违法犯罪员工的职务，并相应调整其薪酬待遇。
- 对于被采取刑事强制措施的员工，企业可能停发工资，待案件有最终结论后再作进一步处理。
劳动合同的解除：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。
- 企业应根据司法机关的判决结果，依法对员工采取相应的处理措施，包括解除劳动合同。
三、其他相关后果与处理注意事项
从业限制：
- 某些行业对从业人员的职业操守和法律记录有严格要求。国有企业员工违法犯罪后，可能会面临行业禁入等从业限制。
- 企业在招聘和任用人员时，应严格遵守相关法律法规，确保人员的合法性。
社会信用受损：
- 违法犯罪行为会对个人社会信用产生负面影响，影响贷款申请、信用消费等方面。
- 企业也应加强自身品牌建设，避免因员工违法犯罪行为而损害企业整体声誉。
程序合法合规：
- 在处理员工违法犯罪行为时，企业应严格遵循相关法律法规和自身规章制度，确保程序的合法合规。
- 应给予员工申辩的机会，保障其合法权益。
及时报告与加强内部管理：
- 对于涉及重大违法犯罪案件或对企业造成严重影响的情况，企业应及时向有关部门报告。
- 企业应以违法犯罪事件为契机，加强内部管理和监督，完善风险防范机制，防止类似事件的再次发生。
综上所述，国有企业员工违法犯罪的处理是一个综合法律与企业内部规章制度的复杂过程。企业应依法依规处理，确保处理过程的合法性、公正性和有效性，同时加强内部管理，提升员工的法律意识，共同营造遵纪守法、诚信经营的良好环境。