针对员工吃回扣3000元的问题，处理方式需要依据公司规定、法律法规以及回扣的具体情况来综合判断。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

一、初步评估与调查

1. 确认事实：首先，公司需要确保有确凿的证据证明员工确实存在吃回扣的行为，并且回扣金额为3000元。这可能包括交易记录、聊天记录、证人证言等。

2. 评估影响：评估该行为对公司造成的经济损失、声誉影响以及可能存在的法律风险。

二、依据公司规定处理

1. 查阅公司规章制度：检查公司是否有关于员工吃回扣的具体处理规定。通常，公司会在员工手册或劳动合同中明确此类行为的处罚措施。

2. 按照规定处理：

   • 如果回扣数额较小，且公司规定中对此有明确的处罚措施（如警告、罚款等），则按照规定执行。例如，可以通过扣除工资来补偿损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 如果回扣数额较大或构成犯罪，或者造成单位重大损失，公司可能需要考虑报警，并单方面解除劳动合同，同时要求员工赔偿损失。

三、法律层面考虑

1. 法律责任：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。因此，公司有权要求吃回扣的员工赔偿相应的经济损失。

2. 法律程序：如果公司决定报警或采取法律手段，应确保遵循相关法律程序，如收集证据、提交报案材料、配合警方或法院的调查等。

四、后续管理与预防

1. 加强培训：对员工进行职业道德和法律法规的培训，提高他们的法律意识和职业操守。

2. 完善制度：针对此次事件，公司可以审视并完善相关管理制度，如加强财务监管、建立举报机制等，以预防类似事件的再次发生。

3. 警示教育：对此次处理结果进行公示，以起到警示作用，让员工明白吃回扣的严重后果。

综上所述，处理员工吃回扣3000元的问题需要综合考虑多个方面，包括公司规定、法律法规以及具体情况等。公司应确保处理过程合法、公正、透明，并以此为契机加强内部管理和员工教育。