协商解除劳动合同协议中约定员工违约赔偿责任是合法的。以下是具体的分析：

法律解释

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在遵循法律、法规的前提下，双方有权自愿协商并约定合同内容，包括违约赔偿责任。

2. 违约赔偿责任的约定：在协商解除劳动合同协议中，如果双方明确约定了员工在特定情况下（如违反保密义务、竞业限制等）需承担违约赔偿责任，且该约定不违反法律、法规的强制性规定，那么该约定是有效的。一旦员工违约，用人单位有权依据协议要求员工承担相应的赔偿责任。

实际情况分析

1. 合法性与合理性：协商解除劳动合同协议中的违约赔偿责任约定，应当既合法又合理。合法性要求约定内容不违反法律、法规的强制性规定；合理性则要求约定内容应当公平、公正，不损害任何一方的合法权益。

2. 具体条款的审查：在实际操作中，应当仔细审查协议中的具体条款，确保违约赔偿责任的约定明确、具体，且具备可操作性。例如，应明确违约行为的定义、赔偿范围、赔偿方式及标准等。

结论与建议

综上所述，协商解除劳动合同协议中约定员工违约赔偿责任是合法的，但应当确保该约定既合法又合理，并仔细审查协议中的具体条款。如果在实际操作中遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

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