结论前置：在公司与农户合作养猪的情境下，员工工作中死亡，赔偿责任的归属需根据具体情况分析，可能涉及公司、农户或双方共同赔偿。

分析说明：

1. 劳动关系判断：

   • 若员工与公司存在直接的劳动合同关系，且是在履行公司职责时发生死亡事故，那么公司应承担主要的赔偿责任，包括工伤保险赔偿和可能的民事赔偿。
   • 若员工是农户直接雇佣，与公司无直接劳动关系，但事故发生在与公司合作的项目中，赔偿责任的划分可能更为复杂。此时需考虑合作协议中对于安全事故责任分担的约定，以及农户和公司的实际过错程度。

2. 合作协议内容：

   • 公司与农户之间的合作协议是判断赔偿责任的重要依据。若协议中明确规定了安全事故的责任分担方式，应按照协议执行。
   • 若协议未明确或约定不明，则需根据双方的实际行为、过错程度以及法律规定来综合判断。

3. 法律适用：

   • 根据《工伤保险条例》，员工因工作原因受到事故伤害或患职业病，且经工伤认定的，享受工伤保险待遇。
   • 若事故被认定为工伤，但公司未依法参加工伤保险，则公司应承担全部的工伤保险赔偿责任。
   • 若涉及民事赔偿，还需根据《民法典》等相关法律规定，结合事故的具体情况，判断赔偿责任的归属和分担。

4. 特殊情况处理：

   • 若事故是由于第三方（如设备供应商、其他承包商等）的过错导致的，可能涉及第三方的赔偿责任。
   • 若员工自身存在过错，也可能影响赔偿责任的划分。

法律建议：

• 在处理此类事故时，首先应明确员工与各方之间的法律关系，特别是劳动关系和合作协议的内容。
• 尽快进行工伤认定，并依据认定结果处理工伤保险赔偿事宜。
• 若涉及民事赔偿，建议通过协商或诉讼方式解决，必要时可寻求专业律师的帮助。
• 为预防类似事故的发生，公司和农户应加强安全管理，完善合作协议中的责任分担条款。

行动指南：

• 对于公司：建议检查与农户的合作协议，明确安全事故的责任分担；同时，加强员工的安全教育和培训，确保工作场所的安全。
• 对于农户：若与员工存在直接雇佣关系，应确保为员工购买必要的保险；同时，在与公司合作时，应明确双方在安全事故中的责任和义务。
• 对于员工家属：若发生此类事故，应及时咨询专业律师，了解自身的权利和赔偿途径。