两套房的契税缴纳是根据一系列因素来确定的，包括房屋的面积、购房次数以及地区政策等。以下是对两套房契税缴纳的详细解答：

一、契税税率与房屋面积、购房次数的关系

1. 面积小于90平方米：

   • 如果是首套房，契税税率通常为1%。
   • 如果是二套房，多数地区契税税率为3%，但部分执行优惠政策的地区可能仍为1%。

2. 面积大于90平方米且小于144平方米（或140平方米，具体依当地政策而定）：

   • 首套房契税税率一般为1.5%。
   • 二套房契税税率通常为3%，不过部分地区可能有优惠政策，税率可能降低至2%或其他数值。

3. 面积大于或等于144平方米（或140平方米，具体依当地政策而定）：

   • 无论是否为首套房，契税税率普遍为3%。

特别需要注意的是，像北京、上海、广州、深圳等一线城市，在购买二套房时往往不享受契税优惠政策，均按照3%的税率征收契税。

二、应纳税额的计算

契税的应纳税额是依据计税基础乘以具体适用税率得出的。房屋买卖的契税计税基础通常是房屋权属转移合同所确定的成交价格。计算公式为：应纳税额 = 计税依据 × 税率。

三、缴纳时间与方式

• 缴纳时间：契税的纳税义务通常发生在纳税人签订土地、房屋权属转移合同的当日，或是取得具有权属转移合同性质凭证的当日。实际操作中，不同地区的要求可能有所不同，有的地方要求在交房前缴纳，有的则规定在合同签订后的一定期限内完成缴纳。

• 缴纳方式：契税可以通过当地的不动产登记中心税务窗口、政务服务大厅税务窗口进行现场缴纳，也可以通过税务局指定的线上渠道（如电子税务局）进行在线缴纳。

四、其他注意事项

• 二手房交易：如果购买的二套房是二手房，且卖家已持有该房产超过5年，同时又是其家庭的唯一住房，出售时可以免征个人所得税。不满足这些条件的，则需按法规缴纳个人所得税、增值税等费用。

• 特殊类型房产：对于非普通住宅或商业性质的房产，契税缴纳标准可能有所差异，需根据当地具体政策确定。

综上所述，两套房的契税缴纳是一个综合考虑多方面因素的过程。在购买房屋前，建议务必详细了解当地的契税政策及相关规定，以便准确计算并按时缴纳契税。如有需要，可以咨询专业的税务机构或律师以获取更详细的解答和帮助。