合同并非不能约定预付工程款。实际上，在建设工程合同中，预付款的支付是具有明确法律依据和详细规定的。
一、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，建设工程施工合同中可以约定预付款的支付。预付款是发包人在合同订立后，正式开工前预先支付给承包人的工程款，用于承包人的施工准备。这些法律法规确保了预付款支付的合法性和合规性。
二、预付款的约定
预付款比例：预付款的比例通常由合同双方协商确定，并在合同中明确约定。一般来说，预付款的比例不宜过高也不宜过低，以确保工程的顺利进行和资金的有效利用。在建筑工程领域，预付款的比例原则上不超过合同金额的30%，但具体数额需结合工程项目的具体情况、合同类型等因素来综合确定。
支付时间：预付款的支付时间也应在合同中明确约定。一般来说，发包人应在合同签订后一个月内或开工前7天内预付工程款。若发包人未按约定支付预付款，承包人有权催告其在合理期限内支付，并有权要求支付利息及承担违约责任。
扣回方式：预付款的扣回时间和方式也应在合同中明确约定。通常，预付款会在工程进度款支付过程中按比例扣回，比如在工程进度款支付至25%到75%之间按工程进度款比例扣回。
三、实际操作建议
详细阅读合同条款：在签订建设工程合同时，双方应详细阅读并理解合同条款中关于预付款的约定，确保自身权益得到充分保障。
合规操作：发包方应严格遵守相关法律法规和合同条款，确保预付款支付的合法性和合规性；承包方也应合理使用预付款，确保资金安全高效利用。
及时沟通：在合同履行过程中，若双方对预付款的支付或扣回存在争议，应及时进行沟通协商，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。
综上所述，建设工程合同中完全可以约定预付工程款，但双方应确保预付款的约定符合相关法律法规和合同条款的要求，以确保工程的顺利进行和双方合法权益的维护。