工程合同中约定预付款是合法的。以下从法律基础、合同条款与实际操作、以及相关建议三个角度进行详细分析：
一、法律基础
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 全面履行原则（第五百零九条）：当事人应按照约定全面履行自己的义务，这自然包括预付款的支付。预付款作为合同的一部分，其支付是发包方履行合同义务的重要体现。
- 合同内容规定（第七百九十五条）：建设工程施工合同应明确包括工程造价、拨款和结算等条款。预付款作为拨款的一部分，其金额、支付时间等均应在合同中明确约定。
《建设工程价款结算暂行办法》的具体规定：
- 该办法明确规定了预付款的支付比例和支付时间。包工包料工程的预付款原则上不低于合同金额的10%，不高于30%。这一规定为预付款的支付提供了明确的法律依据。
- 发包人应在合同签订后一个月内或开工前7天内预付工程款。若未按时预付，承包人有权发出通知并要求支付利息及承担违约责任。这一规定保护了承包方的合法权益，确保了预付款的及时支付。
《保障中小企业款项支付条例》的特别规定：
- 对于中小企业承包方，发包方需在合同中明确预付款的比例和支付时间。若未作约定，则应根据中小企业要求提供预付款，并订立补充合同明确相关条款。这一规定体现了对中小企业的特别保护，确保了中小企业在合同履行过程中的资金安全。
二、合同条款与实际操作
- 具体约定：在建设工程施工合同中，双方应详细列明预付款的金额、支付时间、支付条件及扣回方式等。这些条款是合同的重要组成部分，具有法律约束力。双方应严格按照合同约定执行，以确保工程的顺利进行。
- 争议解决：若合同履行过程中出现预付款支付争议，双方应首先依据合同条款进行协商。协商不成时，可依法通过诉讼或仲裁途径解决。这体现了合同纠纷解决机制的灵活性和有效性。
三、相关建议
对于发包方：
- 应严格遵守相关法律法规和合同条款，确保预付款支付的合法性和合规性。避免因预付款支付问题而引发不必要的法律纠纷和经济损失。
- 在签订合同时，应充分考虑工程实际情况和承包方的资金需求，合理约定预付款的金额和支付时间。以确保工程能够按时启动并顺利进行。
对于承包方：
- 在签订合同时，应仔细审查预付款条款，确保自身权益得到充分保障。对于不明确或存在歧义的条款，应及时与发包方沟通并明确约定。
- 在施工过程中，应合理使用预付款，确保资金安全高效利用。避免因资金管理不善而影响工程进度和质量。
综上所述，工程合同中约定预付款是合法的，并且具有明确的法律依据和详细规定。双方应严格按照合同约定及相关法律法规执行，以确保工程顺利进行并维护各自合法权益。若您在工程合同预付款方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。