基本农田保护主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责管理。这些部门会同农业农村主管部门组织实施永久基本农田的划定工作，并将其落实到地块后纳入国家数据库进行管理。

具体来说，自然资源主管部门在基本农田保护中的主要职责包括：

1. 划定与公告：根据相关法律法规和政策，自然资源主管部门会同相关部门划定永久基本农田，并将划定的永久基本农田位置、范围向社会进行公告，同时设立保护标志。

2. 查询服务：为严格落实永久基本农田特殊保护制度，自然资源部还提供了永久基本农田查询服务。公众可以通过多种渠道（如微信搜索永久基本农田查询平台小程序、访问自然资源部官方网站或下载自然资源部APP）便捷、快速地查询到永久基本农田的面积、空间位置等信息。

3. 监督与管理：自然资源主管部门还负责对永久基本农田的使用情况进行监督和管理，确保其基本农田的特殊保护制度得到有效执行。对于违法违规占用或改变永久基本农田用途的行为，将依法进行查处。

4. 占用与补偿：在特殊情况下，如国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目确实难以避让永久基本农田时，涉及农用地转用或土地征收的，必须经国务院批准。同时，当地人民政府需要按照国务院的批准文件修改土地利用总体规划，并补充划入数量和质量相当的永久基本农田。

综上所述，基本农田保护是自然资源主管部门的一项重要职责，他们通过划定、公告、查询服务、监督与管理以及占用与补偿等措施，确保永久基本农田得到严格保护和管理。