农村集体土地变更为基本农田，是由县级以上人民政府自然资源主管部门会同同级农业农村主管部门共同组织划定的。具体说明如下：

1. 法律依据与部门职责
   根据《中华人民共和国土地管理法》第三十四条及《基本农田保护条例》第十条，基本农田的划定需由县级以上地方人民政府自然资源主管部门（原国土资源部门，现合并为自然资源部门）会同同级农业农村主管部门，依据土地利用总体规划（现国土空间规划）和农业发展规划，结合土地质量、区位等因素综合确定。划定后需经本级人民政府批准，并报上级自然资源部门备案。

2. 划定流程的关键环节

   • 调查评估：自然资源部门需对土地现状（如地类、坡度、土壤肥力等）进行调查，农业农村部门需评估农业利用价值。
     
   • 公众参与：划定过程中需征求农村集体经济组织、村民委员会及村民意见，确保符合当地农业发展需求。
     
   • 公告与登记：划定结果需公告，并由自然资源部门登记造册、上图入库，纳入永久基本农田数据库。

3. 监督与调整机制

   • 动态监管：自然资源部门通过卫星遥感、实地核查等方式监督基本农田使用情况，农业农村部门配合监测农业种植结构。
     
   • 调整限制：基本农田一经划定，原则上不得占用或调整。确需调整的（如因重大建设项目），需经国务院批准，并补划同等数量质量的地块。

温馨提示：若您涉及集体土地被划入基本农田的具体事务（如土地征收、用途变更等），建议结合当地规划文件及部门公告核实划定程序合法性。如有争议，可进一步向我咨询具体法律流程。